Table 1 Predictive performance measured as Spearman correlation for resistance genes commonly used for studies employing qPCR on the richness and abundance of all Resqu and FARME genes

tet(Q)

0.80

0.65

0.73

0.04

0.56

tet(O)

0.75

0.63

0.70

0.08

0.54

tet(W)

0.78

0.62

0.72

0.04

0.54

erm(F)

*

0.57

0.44

0.60

0.08

0.42

erm(B)

*

0.52

0.38

0.52

0.02

0.36

tet(M)

*

0.56

0.23

0.53

− 0.11

0.30

sul2

*

0.30

0.24

0.39

0.22

0.29

aph(6)-Id

**

0.27

0.17

0.36

0.16

0.24

sul1

*

0.21

0.16

0.30

0.21

0.22

tet(G)

0.20

0.14

0.32

0.21

0.22

tet(A)

0.21

0.16

0.29

0.18

0.21

aac(6′)-Ib

**

0.14

0.13

0.23

0.26

0.19

tet(C)

0.18

0.10

0.25

0.20

0.18

tet(S)

0.15

0.11

0.23

0.15

0.16

sul3

0.13

0.11

0.16

0.08

0.12

qnrS

*

0.12

0.10

0.13

0.07

0.10

tet(B)

0.19

0.11

0.19

− 0.06

0.10

bla _TEM

*

0.10

0.01

0.11

0.14

0.09

tet(E)

0.08

0.06

0.11

0.10

0.09

erm(C)

0.11

−0.05

0.19

− 0.05

0.05

bla _CTX-M

*

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

bla _KPC

**

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

bla _NDM

**

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

bla _VIM

**

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00